1939

В начале года по предложению Евы Розенфельд и Сьюзан Айзекс создается Группа Внутренних Объектов (I.O.), цель которой — дать кляйнианцам возможность на постоянной основе обсуждать и формулировать свои идеи перед тем, как представить их оппонентам.
8 марта Британское психоаналитическое общество празднует свой 25-й день рождения в гостинице «Савой» (несмотря на то, что первая попытка создания Общества окончилась неудачей, за год основания принимают 1914-й, а не 1919-й). В числе гостей — Вирджиния и Леонард Вульфы, с которыми Кляйн встречается впервые.
Артур Кляйн умирает в швейцарском городе Сьон в возрасте 61 года.
3 сентября Англия объявляет войну Германии.
Как и многие другие, Кляйн временно переезжает в Кембридж, покинув столицу из страха перед воздушными налетами.
23 сентября, через три недели после начала Второй мировой войны, в возрасте 83 лет умирает Зигмунд Фрейд, в течение нескольких лет мучительно болевший раком челюсти.
Зимой Кляйн перерабатывает «Скорбь и ее отношение к маниакально-депрессивным состояниям» [‘Mourning and Its Relation to Manic-Depressive States’] — статью, первоначально представленную в виде доклада на Парижском конгрессе 1938 года.
Редкие кадры немого фильма показывают Мелани Кляйн в 1939 году, прогуливающуюся по саду своего дома в Клифтон-Хилл со скульптором Оскаром Немоном.
1940
В мае сестра Кляйн Эмили Пик умирает в Лондоне от рака легких. Кляйн не смогла с нею проститься.
В конце июня Кляйн по просьбе родителей «Дика» уезжает из Лондона в шотландский город Питлохри. Тем временем в Лондоне приближается Битва за Британию, вследствие чего находиться в столице становится очень опасно. На Рождество Кляйн возвращается в Лондон, скучая по внуку Майклу и своей работе там.
Эдвард Гловер публикует «Исследование психоаналитической техники» [An Investigation of the Technique of Psychoanalysis], почти неприкрытый выпад против Кляйн и кляйнианской мысли.
1941
К новому году у Кляйн уже четыре пациента в Шотландии — Дик, его брат и два доктора. Из Питлохри она поддерживает постоянную переписку с Дональдом Винникоттом, который к этому времени стал ее близким другом и союзником.
В конце апреля Кляйн начинает анализ десятилетнего «Ричарда», чей «необычный» набор психических трудностей дает ей богатую пищу для размышлений. Вскоре она твердо решает написать книгу, целиком посвященную этому конкретному случаю.
В начале сентября Кляйн покидает Питлохри и возвращается домой в Лондон.
1942
25 февраля, после нескольких месяцев и лет усилившихся раздоров и разногласий среди членов Британского общества, проходит первое его «Внеочередное собрание». Эти собрания выливаются в яростные сражения между противоборствующими группировками в Обществе — кляйнианцами и венскими фрейдистами; это продолжается до июня. На собраниях Анна Фрейд и Эдвард Гловер подвергают сомнению легитимность Кляйн как психоаналитика, а Мелитта Шмидеберг нападает на мать со слепой яростью, вызванной, по-видимому, личными, а не профессиональными причинами. Все указывает на то, что Общество может и не пережить глубокого раскола, вызванного этой идеологической и личной войной.
21 октября проходит первая из «Дискуссий о противоречиях» — напряженных дебатов о взаимоисключающих психоаналитических теориях, которые угрожают расколоть Общество пополам. Главные оппонентки в этой борьбе — Мелани Кляйн и Анна Фрейд. В этот период теория Кляйн подвергается резкой критике, а некоторые выказывают сомнения в том, относится ли она вообще к психоанализу.
1943
Среди членов Общества распространяют статью Сьюзен Айзекс «Природа и функция фантазии» (позже опубликованная в книге «Развитие в психоанализе»), которая обсуждается затем 27 января в рамках «Дискуссий о противоречиях». Это ключевой документ в истории психоанализа: здесь показана кляйнианская концепция младенческой фантазии, которая тесно связана с классической фрейдовской теорией и исходит из нее и, следовательно, несомненно психоаналитична. Статья становится предметом обсуждения на каждом заседании до 19 мая.

1944
После заседания 24 января Эдвард Гловер покидает Британское общество, заявив, что оно больше не «фрейдистское», то есть не психоаналитическое.
16 февраля Кляйн впервые лично принимает участие в «Дискуссиях». Она представляет статью «Эмоциональная жизнь младенца», которая становится предметом последней «Дискуссии о противоречиях», 1 марта.
Ханна Сигал и Герберт Розенфельд примерно в одно время приходят в анализ к Кляйн. Оба они будут развивать и расширять теорию Кляйн, раздвигая границы психоанализа в своей работе с погранично-психотическими и психотическими пациентами.